こんばんは
ちょっと思いあたったことをお伝えします。
クローン（バックアップ）したときの状況がもうわからないような状況ではないかと見受けられます。
そのため、「クローン取得の時点から更新したファイルを戻す」ほかに
下記も実施することになると思います。
★Windowsのネットワーク設定を再設定します。
クローンした仮想マシンは、仮想ネットワークアダプタのMACアドレスが再生成されます。
この時、IPアドレスなどのネットワーク設定が消えてしまいます。
（Windowsが新しいネットワークアダプタとして認識してしまうので）
そのため、クローンを起動した後にIPアドレスを再設定する必要があります。
★イベントログに認証エラーのようなログが出るようであれば、ドメイン再参加します。
もし、クローンがActive Directory 環境で（ドメイン参加して）稼働しているのであれば、
30日くらいでWindowsが内部的に使用している（コンピュータアカウントの）パスワードが
自動変更されたりする場合があります。
クローン時点から30日以上時間がたっていて
イベントログに認証っぽいエラーが出ていたりする場合は、
代わりに使うクローンを、ドメインに再参加させます。
※ドメイン参加していない場合は気にしなくて良いです。
ちなみに、
クローン（バックアップ）したときに「カスタマイズしない」といった方法でクローンしていれば、
SIDは変わりません。
以上です。参考になりますでしょうか。